Chorobami, które należy eliminować w uprawie cebuli są corocznie mączniak rzekomy, alternarioza cebuli oraz Stemphylium. Firma Syngenta oferuje kilka sprawdzonych produktów do zwalczania tych chorób są Scorpion 325 SC oraz Amistar Opti 480 SC. Produkty te zastosowane w jednym z odwiedzonych gospodarstw dwa razy w sezonie wegetacyjnym dobrze zabezpieczyły tą uprawę przed wymienionymi wcześniej chorobami. Duża zdrowotność szczypioru pod koniec lipca przekłada się na dobrą asymilację składników odżywczych, a ostatecznie przełoży się na duży i dobrej jakości plon.
Drugim niedocenianym czynnikiem wpływającym na kondycję szczypioru jest brak nawadniania plantacji, co przy okresach z deficytem wody powoduje zasychanie końcówek szczypioru. Tych zasychających końcówek nie należy mylić z porażeniem roślin przez choroby. W warunkach deficytu wodnego na roślinach silniej uwidaczniają się negatywne działanie objawy herbicydów, złego dokarmiania dolistnego czy też zawartości próchnicy w glebie.